تهویه‌ی مناسب سالن پرورش قارچ تأثیر بسیار مثبتی بر رشد قارچ و جلوگیری از بد شکل شدن آن دارد. تهویه در سالن‌های پرورش قارچ به کمک فن ها انجام می‌شود. در ادامه پیرامون فن و تایمر توضیحاتی داده می‌شود:
۱- فن ها :
فن ها یا تهویه های صنعتی، وسایلی هستند که به کمک آن‌ها اکسیژن رسانی به قارچ ها و دور کردن دی اکسید کربن، گاز های زیان آور دیگر و بوهای نا مطلوب، انجام می‌گیرد. اغلب، در سالن‌های پرورش قارچ، دو تا سه برابر فن های خروجی، فن های ورودی وجود دارد. این فن ها بسته به میزان نیاز سالن طوری نسب می‌شوند که جریان شدید باد ایجاد نکنند و موجب آسیب‌رسانی به قارچ‌ها نگردند. لازم است که برای یکنواختی جریان هوا در سالن، کانال هایی به نام فن – جت در ارتفاع ۳۰ سانتی متر از رأس سقف در مرکز سالن و همین‌طور بسته به نیاز سالن در کف و جاهای دیگر، در امتداد طول سقف نصب شوند. این کانال ها اغلب از پلاستیک‌هایی به شکل استوانه و به قطر ۱۰۰ – ۵۰ سانتی متر ساخته می‌شوند و سوراخ‌هایی به قطر ۱۰ – ۳ سانتی متر در اطراف بدنه دارند. انتهای این کانال ها بسته است و در ابتدای هر کدام از آن‌ها یک فن نسبتاً قوی، هوا را با شدت به داخل کانال می‌دمد تا هوای دمیده شده، از سوراخ‌های کانال خارج و باعث جریان یافتن هوا در سالن شود. در هنگام سوراخ کردن کانال هوا، دقت کنید که سوراخ‌ها به نحوی ایجاد شوند که هوای خروجی از آن‌ها به صورت مستقیم به کمپوست ها برخود نکند، چون موجب خشکیدگی قارچ ها می‌شود. همچنین، سعی شود که از فن های با قدرت متوسط و به میزان نیاز سالن استفاده کنید، چون فن های کوچک یا بزرگ موجب اختلال در کار پرورش می‌شوند. فن های ۶۰×۶۰ برای سالن های پرورش قارچ، بسیار مناسب هستند.
در مناطق بسیار گرم، بهتر است هواکش‌ها در سقف و دریچه‌ها و فن های ورود هوا در دو دیوار جانبی سالن نصب شوند تا هوای گرم سالن که به علت سبکی در زیر سقف تجمع کرده است، به راحتی از سالن خارج گردد. برعکس، در مناطق بسیار سرد، دریچه ها و فن های ورود هوا در مرکز سقف و هواکش‌ها در دو دیوار جانبی سالن نصب شوند تا هوای گرم زیر سقف بر اثر کشش هواکش‌ها به سمت کف سالن جریان یابد.
۲- تایمر :
ما برای تنظیم رطوبت از دستگاه کنترل رطوبت و برای تنظیم دما از ترموستات استفاده می‌کنیم. یکی از مشکلاتی که ممکن است در بعضی از سالن‌های پرورش قارچ وجود داشته باشد، تنظیم ساعت کار فن ها و در نتیجه تهویه‌ی سالن است. اگر از تایمر استفاده نشود، گاهی فن ها تمام وقت کار می‌کنند و گاهی اصلاً کار نمی کنند. به این ترتیب در کار پرورش مشکل بروز خواهد کرد.